Jan Adriaensz. houdt toezicht bij de bouw van de watermolens in de Beemster. Links worden heipalen geslagen in een opgeworpen dijk. Tekening van Taco Scheltema, gravure door W. Steelink, uitgeverij A.W. Sijthoff, Leiden, ca. 1880.

Hoewel hen verscheidene nieuwe uitvindingen werden aangeboden, gaven de bedijkers voor het uitmalen de voorkeur aan achtkante molens met het gebruikelijke scheprad. Wel werd op 29 november bij de achtkante oliemolen van Jan Adriaensz. uit De Rijp gekeken, alsmede met Pieter Pietersz. uit De Rijp en Pieter Claesz. van de Vuile Graft (West-Graftdijk) gesproken, om te beoordelen of hun uitvindingen van nut zouden kunnen zijn. De verbeteringen van Jan Adriaensz. werden niet gebruikt.

Omdat de beide Pieters beloofden dat hun molens 50 procent beter zouden presteren dan de gangbare, werd overeengekomen dat er twee molens volgens hun ideëen gebouwd zouden worden Later kregen zij onderhands het contract voor de bouw van alle 16 molens. Dit werden achtkante binnenkruiers met een scheprad, klik hier voor het complete bestek waaraan ze moesten voldoen.

Rond de jaarwisseling 1607 - 1608 werd de bouw van 16 molens aanbesteed, welke op 30 mei opgeleverd moesten worden. Het ging om 14 nieuwe molens, die door molenbouwers uit heel Noord- en Zuid-Holland aangenomen werden, waaronder ook Pieter Claasz. zelf. Het ijzerwerk voor de in Zuid-Holland bestede molens werd door een smid in Delft geleverd. Verder werd er een gebruikte watermolen aangekocht in Mastenbroek, alsmede een korenmolen in Schiedam, die omgebouwd moest worden tot watermolen.

De aanbesteding aan de onderaannemers verliep van 31 december 1607 tot 18 februari 1608 als volgt:

• 1. Cornelis Symonsz. de Boer, bij Delft, ƒ 3550.
• 2. Pieter Gerritsz. Verspek, Leiden, ƒ 3600.
• 3. Cornelis Arentsz., Schiedam, ƒ 3625.
• 4. Cornelis Symonsz. de Boer, bij Delft, ƒ 3625.
• 5. Syverd Jansz., Delft, ƒ 3625.
• 6. Symon Claasz., Graft, ƒ 3700.
• 7. Pieter Jansz., De Rijp, ƒ 3650.
• 8. Pieter Claasz., Vuile Graft (West-Graftdijk), ƒ 3675.
• 9. Soest Roelofsz. en Aart Jansz. de Wit, Woerden, ƒ 3750.
• 10. Cornelis Jansz., Alkmaar, ƒ 3750.
• 11. Syverd Jansz., Delft, ƒ 3660.
• 12. Pieter Gerritsz. Verspek, Leiden, ƒ 3645.
• 13. Aangekocht van burgemeester Oltgens, Mastenbroek.
• 14. Jacob Meusz., Den Haag, ƒ 3600.
• 15. Dirk Fransz., Delft, ƒ 3600.
• 16. Gekocht een korenmolen van Symon Bouman, Schiedam, ƒ 2375. En tot een watermolen te veranderen besteed aan Cornelis Adriaansz., Schiedam, ƒ 1363, samen dus ƒ 3738.

Vanaf half 1608 werd langs de randen van het oude land een ringdijk aangelegd en werden molens gebouwd voor de bemaling. Acht huijsluijden uit de omliggende dorpen, waaronder Jan Adriaensz. uit De Rijp, werden tot adviseur en toezichthouder van de dijkwerken aangesteld. Zij konden echter niet voorkomen dat er flink gesjoemeld werd bij de dijkbouw, waardoor deze niet de gewenste stevigheid en hoogte kreeg. Door het extreem natte weer trad vertraging op bij het sluiten van de dijk, en kon pas tegen het einde van 1608 gestart worden met het leegpompen van de Beemster. Omdat de twee hoofdaannemers buiten hun schuld niet aan de gestelde opleverdatum konden voldoen, werd het contract ontbonden. De molens werden verder in eigen beheer van de bedijkers gebouwd, waarbij de aannemers in dienst werden genomen als opzichters, samen met de timmerman Jan Adriaensz. Leeghwater (1575-1650) uit De Rijp.

In januari 1609 was al zo veel water weggepompt dat de Beemster op een laag zomerpeil stond. Intussen stonden er 26 molens, in 13 tweetraps gangen. Deze lagen parallel met de dijk, omdat alleen daar, op de randen van het oude land, gebouwd kon worden. Pas de latere derde en vierde trappen zouden op het nieuwe land gebouwd worden. Wat aan de plaats van de molengangen opvalt, is dat deze op een enkele uitzondering na niet aansluiten op de tochtsloten. Dit valt te verklaren uit het feit dat het ontwerp van het wegen- en slotenplan van de Beemster pas in 1611 werd gemaakt, nadat de meeste molens al een aantal jaren gemalen hadden. Hierdoor kwamen de meeste molenkolken ongunstig in agrarische kavels te liggen.

Eind 1609 was het pompen zo ver gevorderd dat overal, behalve in de Kil (de oude bedding van de rivier Bamestra), de bodem droog lag. Op 20 januari 1610 liep de verse polder echter weer vol, toen als gevolg van een breuk in de Zuiderzeedijken ook de nog weke Beemsterdijk (met goedkeuring van Jan Adriaensz. gemaakt van veen!) het begaf. Drie molens werden door de storm omver geblazen en een tiental raakten er ernstig beschadigd. Men besloot direkt daarna om een grotendeels nieuwe ringdijk te maken, op de meeste plekken meer landinwaarts, zo hoog dat hij een meter boven het omringende land uitstak, en niet meer van veen maar van klei. Vanaf 25 juni 1610 maalden enkele molens weer. De ondermolens werden tijdelijk als extra bovenmolens ingezet om de hervatte droogmaking te bespoedigen. Nadat de dijk eind 1610 helemaal volgens bestek dichtgemaakt was, besloten de bedijkers dat er 30 molens benodigd zouden zijn.

Maar begin 1612, na wat verplaatsen en bijbouwen van molens, stonden er al 43 molens, waarmee over het algemeen een drietrapsbemaling tot stand was gebracht. Op 19 mei 1612 was de drooglegging nogmaals grotendeels voltooid. Alleen de laaggelegen Kilpolder stond nog deels blank, hier werden de twee Spijkerboorder molens heen verplaatst. De kosten voor nieuwe molens werden in maart 1613 door de molenmakers Jan Adriaenszoon Leeghwater en J. Huiberts beraamd op ƒ 5470,- per molen.

Gedurende 1613 en 1614 werden de molens afgetimmerd, tot dan toe stonden ze er als kale geraamtes bij. Dit was natuurlijk niet bevorderlijk voor het binnenwerk, maar wel voor de droogmaking: een kale molen levert immers een beter rendement dan een bedekte. Eind april 1615 werd besloten de betimmering niet meer aan te besteden, maar de timmerlieden zelf in dienst te nemen. De volgende timmerbazen van dit werk werden door de Hoofdingelanden ingehuurd voor 's zomers ƒ 1,10 en 's winters ƒ 0,90 per dag (de knechts kregen 2 stuivers minder):

• Jan Huibertsz. voor de 12 Kruisoorder en de 3 Havermeerder molens, en de Kilmolen oost.
• Pieter Cornelisz. voor de 3 Wouder, de 3 Schermerhorner en de 3 Avenhorner molens.
• Jan Cornelisz. voor de 3 Kwadijker en de 3 Hobreder molens.
• Jan Seymonsz. voor de 3 Rijper en de 3 Volger molens, en de Kilmolen west.
• Huibert Cornelisz. voor de 3 Draaioorder, de 2 Purmerender en de 2 Jisper molens.